Siun soten ylin päätösvalta on yhtymävaltuustolla. Omistajakuntien valtuustot valitsevat sen jäsenet toimikautensa ajaksi. Yhtymävaltuusto vastaa yleisellä tasolla kuntayhtymän toiminnasta ja taloudesta.

Yhtymävaltuusto valitsee toimikaudekseen yhtymähallituksen. Hallituksen tehtävänä on johtaa kuntayhtymää ja sen hallintoa, huolehtia omistajapolitiikan toteutumisesta sekä vastata talousarvion toimeenpanosta. Hallituksen alaisuudessa toimivat henkilöstö-, yksilöasiain- ja ympäristöterveydenhuollon jaostot.

Siun soten operatiivisesta johtamisesta vastaa toimitusjohtaja.

Siun soten omistavat kunnat. Omistajakuntien kanssa neuvotellaan vuosittain taloudesta ja investointitarpeista.

Päätöksentekoa ja hallintoa on määritelty tarkemmin kuntayhtymän perussopimuksessa ja hallintosäännössä.